Liputan6.com, Jakarta Lembaga Biologi Molekuler (LBM) Eijkman beberapa waktu lalu telah mengirimkan tiga sekuens full genome dari virus SARS-CoV-2 penyebab COVID-19 pada pasien Indonesia ke portal Globa Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). GISAID adalah sebuah situs online, wadah berbagi data tentang virus yang tengah mewabah. GISAID dikembangkan oleh Pemerintah Jerman bersama organisasi nirlaba dan biasa melakukan studi terhadap ribuan genome virus.
Pengiriman tiga sekuens genome tersebut juga diumumkan LBM Eijkman di akun media sosial Twitter-nya pada 4 Mei kemarin. Mereka menyatakan untuk pertama kalinya berhasil menyelesaikan pemetaan sekuen asam nukleat RNA penyusun genom virus SARS-CoV-2 dari Indonesia.
Advertisement
"Menggunakan alat Next-Generation Sequencing (NGS) di Pusat Genom Nasional LBM Eijkman, tim LBM Eijkman berhasil memetakan genom tiga isolat virus yang berasal dari tiga pasien terkonfirmasi positif COVID-19 di Indonesia," tulis Eijkman, dikutip pada Rabu (6/5/2020).
Mereka mengatakan, data awal dari tiga isolat ini akan sangat bermanfaat bagi penelitian lanjutan terkait epidemiologi seperti evolusi virus dan penyebarannnya, pengembangan vaksin, serta obat antivirus.
Saksikan Juga Video Menarik Berikut Ini
Penjelasan Peneliti Eijkman
Peneliti Postdoctoral LBM Eijkman bidang evolusi dan genetika populasi Pradiptajati Kusuma dalam akun Facebooknya merangkum bagaimana perjalanan virus SARS-CoV-2 berdasarkan analisis di Nextstrain. Unggahan Pradiptajati diunggah juga oleh akun Facebook Eijkman.
Dalam tulisannya, Pradiptajati mengatakan bahwa ketiga sekuens yang dikirim ke GISAID tersebut memiliki ID: EIJK2444, EIJK0141, EIJK0317.
Dalam keterangannya, Pradiptajati menjelaskan bahwa secara evolusi, tiga sampel tersebut semua transmisinya berasal Tiongkok.
"Kemudian virus dari China bermigrasi, dan berevolusi sepanjang migrasinya, sepanjang lompatan dari satu host ke host lainnya. Sama kayak manusia. Terus berevolusi. Tapi bedanya, virus berevolusi jauh lebih cepat dibanding manusia," tulis Pradiptajati.
Advertisement
Perjalanan 3 Sampel SARS-CoV-2
Dalam keterangannya, Pradiptajati menulis bahwa sampel EIJK2444, virusnya berasal dari Jepang. Awalnya dia berjalan dari China, menuju Australia, dan Jepang, lalu akhirnya berada di Indonesia.
"Pada akhirnya, virus ID EIJK2444 memiliki mutasi asam amino pada protein S posisi 76, dari Threonine menjadi Isoleucine."
Sementara untuk sampel EIJK0317, virus berasal dari Uni Emirat Arab. Pradiptajati mengatakan, virus tersebut awalnya berasal dari Tiongkok, menuju Britania Raya, ke Amerika Serikat, UEA, lalu tiba di Indonesia.
"Pada akhirnya, virus ID EIJK0317 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 461 dari Isoleucine menjadi Valine," tulisnya.
Sementara, sampel EIJK0141, virusnya berasal dari AS. Dia berjalan dari Tiongkok, menuju Britania Raya, AS, lalu berakhir di Indonesia. Virus dengan identitas ini memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 2103 dari Serine menjadi Phenilalanine.
Kemungkinan Masih Bisa Berubah
Pradipta menjelaskan, bahwa virus di Indonesia ini tidak atau belum menjadi source bagi mutasi virus lain di negara lain.
"Setelahnya hanya terjadi pada transmisi lokal. Akan dilihat pada sekuens-sekuens baru dari sampel di Indonesia," tambahnya.
"Selain itu, semua mutasi kunci virus di Indonesia ini bersifat non-synonymous. Perlu dipelajari bagaimana mutasi ini berakibat pada struktur protein virus tersebut dan fungsinya. Apakah mengubah fungsi atau tidak."
Menutup penjelasannya, Pradiptajati mengatakan bahwa interpretasi data ini berdasarkan ketersediaan data dan memiliki keterbatasan. Sehingga, perjalanan tersebut mungkin mengalami perubahan atau pembaharuan seiring dengan bertambahnya sekuens yang masuk ke GISAID.
"Bisa jadi sebelum Indonesia, virusnya mampir dulu kemana yang kita tidak tau karena tidak tersedianya data. Atau interpretasi yg lainnya."
Selain itu, dia menambahkan bahwa penjelasan tersebut berdasarkan ketersediaan data di Nexstrain pada tanggal 5 Mei 2020.
Advertisement
