Mengenal Whole Genome Sequencing (WGS) untuk Lacak Omicron, Ini Bedanya dengan Tes PCR

Mengenal Whole Genome Sequencing (WGS) adalah prosedur laboratorium yang digunakan untuk memetakan gen suatu organisme melalui DNA. Organisme yang dimaksud adalah bakteri, virus, hingga manusia.

Dalam keterangan tertulisnya CDC menjelaskan Whole Genome Sequencing (WGS) istilah kuncinya ada pada “genom” yang artinya materi genetik. Setiap organisme memiliki urutan DNA unik yang terdiri dari basa A, T, C, dan G.

“Apabila mengetahui urutan basa dalam suatu organisme, maka identifikasi sidik jari atau pola DNA unik organisme dapat diketahui secara pasti,” dijelaskan CDC.

Berasal dari penjelasan tersebut, disimpulkan Whole Genome Sequencing (WGS) adalah prosedur laboratorium dengan menentukan urutan basa dalam genom atau materi genetik suatu organisme dalam satu proses tertentu.

Informasi penting tentang Whole Genome Sequencing (WGS). Pada proses pengurutan seluruh genom atau genetika di proses WGS adalah cara yang cepat dan terjangkau untuk bisa mendapatkan informasi tingkat tinggi tentang varian bakteri atau organisme tertentu dengan satu kali tes saja.

Para ilmuwan dalam keterangan tertulis CDC, menjelaskan proses pengurutan basa dalam genom pada proses Whole Genome Sequencing (WGS) dengan empat langkah utama. Apa saja?

1. Pertama Melakukan Pemotongan DNA

Para ilmuwan dalam mengidentifikasi organisme dengan Whole Genome Sequencing (WGS) adalah dimulai dengan melakukan pemotongan DNA organisme tersebut.

Alat yang digunakan adalah gunting molekuler yang terdiri dari jutaan basa: A, C, T, dan G, menjadi potongan-potongan yang cukup kecil untuk dibaca oleh mesin yang dapat mengurutkannya.

2. Kedua Melakukan Pengkodean Batang DNA

Para ilmuwan dalam mengidentifikasi organisme dengan Whole Genome Sequencing (WGS) adalah kedua mulai menambahkan potongan kecil tag DNA, atau kode batangnya.

Metode penelitian ini ditujukan untuk mengidentifikasi potongan DNA mana yang dimiliki bakteri mana. Ini mirip dengan bagaimana barcode mengidentifikasi produk di toko kelontong atau mini market.

3. Ketiga Melakukan Sekuensing Seluruh Genom

Para ilmuwan dalam mengidentifikasi organisme dengan Whole Genome Sequencing (WGS) adalah ketiga mulai melakukan sekuensing seluruh genomnya. DNA berkode batang yang sudah didapat dari banyak bakteri, langsung digabungkan dan dimasukkan ke dalam sekuenser genom keseluruhan.

Sequencer ini bekerja mengidentifikasi A, C, T, dan G, atau basa, yang membentuk setiap urutan organisme yang diidentifikasi. Sequencer menggunakan kode batang untuk melacak basis mana yang dimiliki bakteri mana.

4. Keempat Melakukan Analisis Data

Para ilmuwan dalam mengidentifikasi organisme dengan Whole Genome Sequencing (WGS) adalah langkah terakhir mulai menggunakan alat analisis komputer. Ini untuk membandingkan urutan bakteri atau organisme dan mengidentifikasi perbedaan.

Jumlah perbedaan dapat memberi tahu para ilmuwan seberapa dekat hubungan bakteri itu, dan seberapa besar kemungkinan mereka menjadi bagian dari wabah yang sama. Maka proses identifikasi suatu organisme dengan WGS selesai.

Adanya metode pengurutan basa dengan Whole Genome Sequencing (WGS) yang efektif dan efisien mengetahui karakteristik suatu organisme tidak semata-mata muncul dan ada begitu saja.

CDC menjelaskan Whole Genome Sequencing (WGS) adalah pertama kali digunakan pada tahun 2013 untuk mendeteksi wabah yang disebabkan bakteri mematikan Listeria. Sejak saat itu, WGS adalah memungkinkan para ilmuwan untuk:

1. Melakukan deteksi lebih banyak kelompok penyakit Listeria.

2. Mulai menyelesaikan lebih banyak wabah Listeria saat masih dalam skala yang kecil.

3. Mampu menghubungkan pasien yang sakit dengan kemungkinan sumber makanan penyebab penyakit.

4. Melakukan identifikasi sumber makanan baru Listeria, seperti apel karamel dan es krim.

Pada saat itu, CDC mulai dengan cepat memperluas penggunaan Whole Genome Sequencing (WGS) atau pengurutan seluruh genom di laboratorium oleh para ilmuwan untuk menyelidiki wabah patogen bawaan makanan lainnya. Mulai dari Campylobacter, E. coli penghasil toksin Shiga (STEC), dan Salmonella.

Sampai akhirnya, CDC bersama mitra kesehatan lainnya dengan berbagai kemajuan teknologi, terus memperoleh keberhasilan dalam mendeteksi, merespon, dan menghentikan penyakit menular.