Shin Tae-yong kali pertama diperkenalkan sebagai pelatih timnas Indonesia oleh Ketua Umum Perserikatan Sepak Bola Seluruh Indonesia (PSSI) periode 2019-2023, Mochammad Iriawan di Ruang VVIP Stadion Pakansari, Kab Bogor, Jawa Barat, Sabtu (28/12/2019). Kala itu, Shin Tae-yong dikontrak untuk menakhodai timnas Indonesia U-20 dengan durasi empat tahun. Rencana tersebut berubah, Shin Tae-yong pun dipercaya untuk menangani seluruh level tim nasional Indonesia, mulai dari U-19 hingga senior. Bersama timnas Indonesia, perjalanan Shin Tae-yong tidak selalu berjalan mulus. Beberapa kekalahan yang dialami timnas Indonesia dalam beberapa pertandingan terakhir memicu kritik dari beberapa pihak. Hingga akhirnya, pada Senin (6/1/2025), Ketua Umum PSSI Erick Thohir secara resmi mengumumkan penghentian kerja sama dengan pelatih timnas Indonesia, Shin Tae-yong.